【ストーリー】
ニューヨーク。レオン(ジャン・レノ)は完璧に仕事を遂行する一流の殺し屋。一日2パックの牛乳と肉体のトレーニングを欠かさない彼の唯一の楽しみは、安アパートで自分と同じように根っこを持たない鉢植えの観葉植物に水を与えることだった。
彼の隣の部屋に住む12歳のマチルダ(ナタリー・ポートマン)もまた、家族から疎ましがられる孤独な少女。ある日、不気味な男スタンフィールド(ゲイリー・オールドマン)と部下たちが彼女の父親を訪ねて、預けたヘロインをかすめ取った奴がいると言い、明日の正午までに盗んだ奴を捜せと告げて帰る。
翌日、スタンフィールドと仲間たちはマシンガンを手にアパートを急襲し、たった4歳の弟も含めてマチルダの家族を虐殺した。ちょうど買い物に出掛けて留守だったマチルダは帰ってみて、何が行われたか気づいた。彼女は涙をこらえながら部屋を通り過ぎると、レオンの部屋のドアベルを鳴らし続けた。
突然の訪問者にとまどうレオンに、マチルダはしばらく匿ってほしいと頼む。さらに彼が殺し屋だと知ったマチルダは、最愛の弟を殺した相手に復讐するために、自分も殺し屋になりたいと懇願する。始めは断ったレオンだが、自分の正体を知った少女を殺すことも追い出すこともできず、彼女との奇妙な共同生活を始めることになる。
安ホテルに移り住んだ彼らは、互いに心の扉を開き始める。レオンは少女に殺しのテクニックとセオリーを教え、マチルダは彼に読み書きを教えた。2人の間には父娘とも親子ともつかない新しい感情が芽生えていく。
初めて誰かのために何かをしたくなったと言うレオンに、殺し屋の彼を育て、仕事の仲介をするトニー(ダニー・アイエロ)は不吉な予感を覚える。そんなある日、マチルダは偶然、スタンフィールドの正体がDEA(麻薬取締局)の汚職捜査官であることを知る。
